תפקידי רשות הניקוז "… לדאוג לניקוזו הסדיר של התחום שנקבע בצו המקים, ולשם כך להקים, לשנות, להחזיק ולפתח מפעלי ניקוז באותו תחום…"
מתוך – סעיף 12 בחוק הניקוז וההגנה מפני שיטפונות
תחומי הפעילות של רשות הניקוז הורחבו עם השנים והם עוסקים בניהול ותחזוקה, שליטה, בקרה ופיקוח על כלל מערכת הניקוז באגן ההיקוות.
שיקום והסדרת נחלים, והגנה על נפש ורכוש מפני מפגעי שיטפונות. שיקום, חידוש ופיתוח מפעלי מים לתפיסת מי שיטפונות לצורך שימוש חוזר. שימור וטיוב קרקע חקלאית למניעת סחף והורדת מליחות ומפלס מי תהום. פיקוח שיקום אקו הידרולוגי, הוצאת ומניעת מזהמים מהנחלים וממקווי המים. בתחום החינוך: לימוד, הדרכה ופיתוח היכרות ומודעות לנחל, נופיו וסביבתו. שילוט והנחיה להדרכה, הנחיה, לימוד והוראה.
רשות הניקוז מסייעת למתכננים, אדריכלים ובעלי עניין במתן מענה וסיוע בתכנון לבניה, תשתיות והכנת נספחי הניקוז. ומקדת תכנון והנחייה לשימור ערכי טבע ושימוש בהנדסה ירוקה.
רשות הניקוז מפתחת ומשבחיה אתרים קולטי קהל בטבע שלנו עוסקת כל העת בשיקום, שימור, שחזור ופיתוח אתרים ייחודיים במרחב. טיפוח נחלים, מעיינות, פארקים, שבילים וחניונים, אתרי תיעוד והנצחה – כאתרי בילוי ופנאי לקהל המטיילים והמבקרים.
