שלב נוסף בפרויקט "האגנים הירוקים", הבוקר מולאו הבריכות אגרגטים.
האגרגטים הם תערובת של חצץ ואבנים מסוגים שונים, אשר יקחו חלק בתהליך סינון המים המגיעים מנחל שכם.
המים שיגיעו מנחל שכם לאגנים יחלחלו דרך אבני האגרגט. עצמים או מזהמים לא יעברו בשל צפיפות האבנים בגדלים שונים ומרכיבים באגרגט.
"אגנים ירוקים" היא שיטה מוכרת הפועלת בהצלחה במקומות שונים בארץ ובעולם. האגנים יפעלו כמסננים טבעיים של זיהומים שונים המגיעים משפכי הרשות הפלשתינאית.
בהמשך יכניסו לאגנים שורשי צמחים אשר יחד עם האגרגטים, יטייבו את המים ויזרימו אותם באיכות גבוהה לנחל אלכסנדר.
